将棋で有名な藤井選手が幼い頃にやっていたことで人気な「キュボロ」はトムソーヤにもあります。現在入手困難なようですが、キュボロ基本セットのスタンダード、補充セットのキュボロムルティ、キュボロプロフィと合計三セットご用意しています。
トム・ソーヤでは様々なルールでキュボロを活用しています。
キュボロは穴の空いたブッロクやそうでないブロックを組み合わせ、上からビー玉を入れてビー玉の通り道を作ることが目的です。
必要なスキルは １、空間認知能力（空間を俯瞰してどこに何をおけばよいか、また、見えないものをイメージで補完して成立させる力等です）
２、物理法則
等です。
キュボロには電源モーターはありません。よってビー玉が自然の推進力で流れる位置にブロックを配置しなくてはならないのです。当然平面のままではビー玉は進みませんね。ビー玉が流れるためには物理法則によってビー玉が進んでいきそうな道を想像する必要があります。手当たり次第では完成しません。頭の中で一度ビー玉が流れていく道をシュミレーションする必要があるのです。この脳内の操作（シンボル操作）を行うことがこのゲームがスキルアップに繋がる肝です。
脳の中に具体的なブロック配置と今は確証はないけど（ブロックにはトンネルがあり外からは見えない）おそらくそうなるであろう仮説が混じり合いながら思考が進みます。ピアジェでは定型発達児の小学生に当たる子供（認知ステージ３）がこの具体的操作期（シンボル操作を脳内で行う）に当たるといわれています。更に次のステージ４では具体的には存在しない概念で思考する段階に発達しますが、キュボロがその橋渡し的思考をもたらしてくれると考えています。だからこそ藤井さんは様々なパターンを脳内で具体的なこととありうべきことの複合で思考が出来ているのだと思います。